Η ιδιότητα του εγκεκριμένου είναι δυνατόν να ανακληθεί από τις τελωνειακές αρχές στην περίπτωση που οι τελωνειακές αρχές έχουν επαρκείς λόγους να πιστεύουν ότι ο οικονομικός φορέας έχει διαπράξει πράξη η οποία υπόκειται σε ποινική δίωξη και άπτεται της τελωνειακής νομοθεσίας ή όταν διαπιστώνεται μη συμμόρφωση του εγκεκριμένου οικονομικού φορέα με τα κριτήρια χορήγησης του πιστοποιητικού ΑΕΟ.
Η αναστολή της ιδιότητας του εγκεκριμένου οικονομικού φορέα είτε λαμβάνει χώρα άμεσα όταν αυτό επιβάλλεται λόγω της σοβαρότητας της απειλής είτε δίνεται στην εταιρεία ένα εύλογο χρονικό περιθώριο ( 30 ημερολογιακές ημέρες) για την τακτοποίηση των κριτηρίων χορήγησης του πιστοποιητικού. Εάν ο οικονομικός φορέας δεν καταφέρει να τακτοποιήσει τα κριτήρια χορήγησης εντός των 30 ημερολογιακών ημερών η ιδιότητα του εγκεκριμένου οικονομικού φορέα αναστέλλεται για 30 ημερολογιακές ημέρες. Όταν ο φορέας δεν είναι σε θέση να τακτοποιήσει την κατάσταση στο προαναφερθέν διάστημα αλλά προσκομίσει αποδείξεις ότι χρειάζεται επιπλέον χρόνο για την διόρθωση της κατάστασης, τότε η τελωνειακή αρχή χορηγεί επιπλέον 30 ημερολογιακές ημέρες αναστολής. Στην περίπτωση όπου ο κάτοχος του πιστοποιητικού έχει διαπράξει πράξη που υπόκειται σε ποινική δίωξη η αναστολή της ιδιότητάς του διαρκεί όσο το διάστημα της δικαστικής διαδικασίας.
Εάν ο εγκεκριμένος οικονομικός φορέας αποτύχει να διορθώσει την κατάσταση εντός των ανωτέρω προθεσμιών, το πιστοποιητικό ανακαλείται. Στην αντίθετη περίπτωση (όταν ο εγκεκριμένος οικονομικός φορέας πληροί ξανά τα κριτήρια χορήγησης του πιστοποιητικού) η αναστολή ανακαλείται.