Εφόσον η αίτηση γίνει αποδεκτή από την Τελωνειακή Αρχή εξετάζονται τα κριτήρια χορήγησης του πιστοποιητικού. Εφόσον πληρούνται χορηγείται το πιστοποιητικό του εγκεκριμένου οικονομικού φορέα το οποίο αρχίζει να ισχύει από την δέκατη ημέρα μετά την ημερομηνία έκδοσης.
Το πιστοποιητικό ΑΕΟ αναγνωρίζεται σε όλα τα Κράτη  Μέλη ενώ η διάρκεια ισχύος του είναι απεριόριστη. Στην περίπτωση όπου διαπιστώνεται κατά το στάδιο της εξέτασης ότι κάποια από τα κριτήρια δεν πληρούνται από τον οικονομικό φορέα, η αίτηση απορρίπτεται και η αρμόδια τελωνειακή αρχή ενημερώνει την εταιρία για το σκεπτικό απόρριψης της αίτησης.
Στην χώρα μας, οι αρμόδιες τελωνειακές αρχές για την έκδοση των πιστοποιητικών Εγκεκριμένου Οικονομικού Φορέα είναι η Τελωνειακή Περιφέρεια Αττικής και η Τελωνειακή Περιφέρεια Θεσσαλονίκης.