Η αίτηση για τη χορήγηση του πιστοποιητικού ΑΕΟ υποβάλλεται γραπτώς ή σε ηλεκτρονική μορφή σύμφωνα με το υπόδειγμα του παραρτήματος 1Γ του κανονισμού 1875/2006.
Α. Πολυεθνικές, Θυγατρικές, Παραρτήματα Εταιρειών
Το πιστοποιητικό του εγκεκριμένου δεν χορηγείται σε ομίλους εταιρειών. Κάθε μία από τις εταιρείες στον όμιλο αποτελεί ξεχωριστό νομικό πρόσωπο συνεπώς στην περίπτωση μητρικής και θυγατρικών εταιριών θα πρέπει κάθε εταιρεία να υποβάλλει ξεχωριστά την αίτηση για την χορήγηση του πιστοποιητικού. Στην περίπτωση παραρτήματος εταιρίας δεν χρειάζεται ξεχωριστή αίτηση γιατί το παράρτημα δεν αποτελεί ξεχωριστό νομικό πρόσωπο.
Β. Που κατατίθεται η αίτηση για την χορήγηση του πιστοποιητικού.
Η αρμόδια τελωνειακή αρχή στην οποία θα κατατεθεί η αίτηση προσδιορίζεται στο άρθρο 14δ του Καν.1875/2006. Η αίτηση θα πρέπει να κατατίθεται στην τελωνειακή αρχή του Κράτους Μέλους που έχει την καλύτερη δυνατή γνώση για τις τελωνειακές δραστηριότητες του αιτούντος, δηλαδή όπου πληρούνται ταυτόχρονα οι παρακάτω προϋποθέσεις:
- Όπου τηρείται το αρχείο με τα τελωνειακά παραστατικά ή εφόσον υπάρχει η δυνατότητα όπου υπάρχει πρόσβαση από την τελωνειακή υπηρεσία στο μηχανογραφικό σύστημα του αιτούντος με τις κύριες λογιστικές καταχωρίσεις
- Όπου λαμβάνουν χώρα οι τελωνειακές δραστηριότητες.
Στην χώρα μας οι αρμόδιες τελωνειακές αρχές για την υποβολή των αιτήσεων χορήγησης πιστοποιητικού Εγκεκριμένου Οικονομικού Φορέα είναι η Τελωνειακή Περιφέρεια Αττικής και η Τελωνειακή Περιφέρεια Θεσσαλονίκης.
Γ. Άμεσος έλεγχος της αίτησης
Η αίτηση δεν θα πρέπει να γίνεται αποδεκτή όταν συντρέχει μία από τις ακόλουθες περιπτώσεις:
- η αίτηση δεν έχει κατατεθεί σύμφωνα με το υπόδειγμα του παραρτήματος 1Γ του κανονισμού 1875/2006
- η αίτηση δεν έχει κατατεθεί στην αρμόδια τελωνειακή αρχή
- η αίτηση κατατίθεται πριν από την παρέλευση τριών ετών από την ανάκληση του πιστοποιητικού που είχε χορηγηθεί στον αιτούντα
- αν ο αιτών έχει καταδικασθεί για σοβαρό ποινικό αδίκημα που συνδέεται με την οικονομική του δραστηριότητα
- αν ο αιτών τελεί υπό διαδικασία πτώχευσης κατά τον χρόνο υποβολής της αίτησης
- αν ο νόμιμος αντιπρόσωπος του αιτούντος σε τελωνειακά θέματα έχει καταδικασθεί για σοβαρό ποινικό αδίκημα σχετικό με παράβαση της τελωνειακής νομοθεσίας και συνδεόμενο με την δραστηριότητά του ως νόμιμου αντιπροσώπου.