Ο ΦΠΑ κατά την εισαγωγή αγαθών, την ενδοκοινοτική απόκτηση καινούργιων μεταφορικών μέσων (οχήματα, πλοία, αεροσκάφη), υποκείμενων σε ΕΦΚ αγαθών καθώς και μεταχειρισμένων οχημάτων υπαγόμενων σε τέλος ταξινόμησης καταβάλλεται στο τελωνείο με την κατάθεση του αντίστοιχου τελωνειακού παραστατικού (ΕΔΕ εισαγωγής ή Ειδική Δήλωση).
Ο ΦΠΑ που καταβάλλεται στο τελωνείο αναγράφεται στην περιοδική δήλωση που υποβάλλει ο υποκείμενος στο φόρο εισαγωγέας ώστε να έχει το δικαίωμα έκπτωσης του ποσού ΦΠΑ που έχει καταβληθεί στο τελωνείο. Κατά συνέπεια, ο φόρος προστιθεμένης αξίας δεν αποτελεί κόστος για τις επιχειρήσεις.