Σε περίπτωση που ο υποκείμενος στο φόρο χρησιμοποιεί αγαθά και υπηρεσίες για την πραγματοποίηση πράξεων, για μερικές από τις οποίες δεν παρέχεται δικαίωμα έκπτωσης (μη υποκείμενες ή απαλλασσόμενες χωρίς δικαίωμα έκπτωσης), ο εκπιπτόμενος φόρος ορίζεται σε ποσοστό στα εκατό του συνολικού ποσού του φόρου των κοινών αυτών εισροών. Το εκπιπτόμενο αυτό ποσοστό βρίσκεται με βάση ένα κλάσμα (Pro – rata), στο οποίο περιλαμβάνονται:

α) στον αριθμητή: οι φορολογητέες εκροές και οι φορολογητέες εκροές εκτός Ελλάδος και οι απαλλασσόμενες εκροές που δημιουργούν δικαίωμα προς έκπτωση,  β) στον παρονομαστή: ό,τι έχει περιληφθεί στον αριθμητή και οι απαλλασσόμενες εκροές που δεν δημιουργούν δικαίωμα προς έκπτωση.  Επίσης, στον παρονομαστή συμπεριλαμβάνονται και οι μη συνδεόμενες με την τιμή των πράξεων επιδοτήσεις, μόνο στην περίπτωση που το κλάσμα έχει ήδη δημιουργηθεί από άλλη αιτία.

Δεν λαμβάνονται υπ’ όψη ούτε στον αριθμητή ούτε στον παρονομαστή τα ποσά που προέρχονται από:

• παραδόσεις (πώληση κτλ) αγαθών τα οποία χρησιμοποιούνται από τον υποκείμενο για πάγια εκμετάλλευση στην επιχείρηση,
• αυτοπαραδόσεις ή ιδιοχρησιμοποιήσεις,
• ενδοκοινοτικές αποκτήσεις,
• πράξεις λήπτη και επιστροφές φόρων,
• εκροές εξ αιτίας αγοράς επενδυτικών αγαθών με την ΚΥΑ Π.2869/87 ή ανακυκλωσίμων σύμφωνα με το άρθρο 39^α του ν.2859/2000,
• παρεπόμενες πράξεις σε ακίνητα ή από χρηματοδοτικές ή πράξεις των περιπτώσεων κ΄, κα΄, κβ΄, κγ΄, κδ΄ και  κε΄, της παραγράφου 1 του άρθρου 22 του Κώδικα Φ.Π.Α. (ν.2859/2000), εφόσον πρόκειται για παρεπόμενες της κύριας δραστηριότητας πράξεις.