Τα ειδικά καθεστώτα Φ.Π.Α. είναι τα εξής:

• άρθρο 35.α: Παροχή ηλεκτρονικών υπηρεσιών από υποκείμενους εγκατεστημένους σε Τρίτη χώρα, προς μη υποκείμενους στο φόρο εγκατεστημένους εντός της Κοινότητος.
• άρθρο 39: Μικρές επιχειρήσεις.
• άρθρο 39.α: Ανακυκλώσιμα απορρίμματα.
• άρθρο 40: Κατ’ αποκοπή καταβολή του φόρου (με βάση το άρθρο αυτό έχουν ορισθεί ετήσια κατ’ αποκοπή ποσά Φ.Π.Α. για τους εκμεταλλευτές σκαφών παράκτιας αλιείας μέχρι 12 μέτρα – βλ. σχετ. ερώτημα  30 κατωτέρω), τους εκμεταλλευτές σκαφών λίμνης Ιωαννίνων και τους εκμεταλλευτές ιππήλατων οχημάτων.
• άρθρα 41 – 42: Αγρότες.
• άρθρο 43: Πρακτορεία ταξιδίων.
• άρθρο 44: Βιομηχανοποιημένα καπνά.
• άρθρο 45: Μεταπωλητές μεταχειρισμένων αγαθών και αντικειμένων καλλιτεχνικής αξίας.
• άρθρο 46: Πωλήσεις σε δημοπρασία.
• άρθρο 47: Επενδυτικός χρυσός.

Με τα ίδια άρθρα ορίζονται οι όροι και οι προϋποθέσεις ένταξης στα ειδικά αυτά καθεστώτα και οι ειδικές διαδικασίες που πρέπει να εφαρμόζουν  οι υποκείμενοι στο φόρο που εντάσσονται στα καθεστώτα αυτά.