Οι αγρότες του ειδικού καθεστώτος του άρθρου 41 δικαιούνται επιστροφής του ΦΠΑ που επιβάρυνε τις εισροές τους. Η επιστροφή αυτή πραγματοποιείται με κατ’ αποκοπή συντελεστή (11%) στις πωλήσεις αγροτικών προϊόντων που πραγματοποιούν προς άλλους υποκείμενους στο φόρο, υποβάλλοντας σε ετήσια βάση (από 1.3 μέχρι 31.7 κάθε έτους) τα κατωτέρω δικαιολογητικά:

α) αίτηση – αναλυτική κατάσταση δικαιολογητικών για την επιστροφή του ΦΠΑ και

β) τα στοιχεία από τα οποία προκύπτει η αξία της παράδοσης των αγροτικών προϊόντων και της παροχής των αγροτικών υπηρεσιών, βάσει των οποίων θα γίνει η επιστροφή του φόρου. Πρόκειται κυρίως για τα νόμιμα φορολογικά στοιχεία τα οποία αναγράφονται αναλυτικά στον Πίνακα Γ΄ (σελ. 2) της αίτησης – αναλυτικής κατάστασης δικαιολογητικών με την οποία και συνυποβάλλονται.

Επισημαίνεται ότι από 1.10.2010 οι αγρότες του ειδικού καθεστώτος που πωλούν τα προϊόντα τους σε λαϊκές αγορές ή από δικό τους κατάστημα, ή εξάγουν ή παραδίδουν τα προϊόντα τους σε άλλο κράτος μέλος, υποχρεούνται στην τήρηση βιβλίων εσόδων εξόδων για την εν λόγω δραστηριότητα.

Για τις πωλήσεις αυτές έχουν δικαίωμα επιστροφής με κατ’ αποκοπή συντελεστή (5%) επί των εν λόγω πωλήσεων, όπως αυτές προκύπτουν από το βιβλίο εσόδων εξόδων που τηρούν και πραγματοποιείται μέσω συμψηφισμού με την περιοδική δήλωση που υποβάλλουν για κάθε φορολογική περίοδο.