Οι καταλογιστικές πράξεις προσβάλλονται από τα πρόσωπα κατά των οποίων εκδόθηκαν οι πράξεις ή τα πρόσωπα που κηρύχθηκαν αστικώς συνυπεύθυνα, ενώπιον των διοικητικών δικαστηρίων, σε πρώτο βαθμό με προσφυγή.
Η άσκηση προσφυγής και η τυχόν αίτηση αναστολής της καταλογιστικής πράξης δεν αναστέλλουν την είσπραξη του 30% των προστίμων και πολλαπλών τελών που επιβλήθηκαν από την τελωνειακή αρχή.
Η προσφυγή ασκείται σε προθεσμία 60 ημερών από την επίδοση της καταλογιστικής πράξης (άρθρα 150§4 Ν.2960/2001, 66 Ν.2717/99).
Αποφάσεις που εκδίδονται σε πρώτο βαθμό επί προσφυγών προσβάλλονται με έφεση σε προθεσμία 60 ημερών από την επίδοση της προσβαλλόμενης απόφασης (άρθρα 92-100 Ν.2717/99).
Διάδικος που δεν παραστάθηκε κατά τη συζήτηση προσφυγής επειδή δεν κλητεύτηκε, ή δεν κλητεύτηκε νόμιμα, ή επειδή δεν μπόρεσε λόγω ανωτέρας βίας να παρασταθεί, έχει δικαίωμα να ασκήσει κατά της απόφασης επί της προσφυγής ανακοπή ερημοδικίας σε προθεσμία 60 ημερών από την επίδοση της προσβαλλόμενης απόφασης ή την πλήρη γνώση της (άρθρα 89-91 Ν.2717/99).
Κατά τελεσίδικων ή ανέκκλητων αποφάσεων προβλέπεται το ένδικο μέσο της αίτησης αναθεώρησης, που θεμελιώνεται μόνο σε κάποιον από τους λόγους του άρθρου 103 Ν.2717/99.
Τρίτος ο οποίος βλάπτεται από απόφαση που εκδόθηκε σε δίκη μεταξύ άλλων, και ο οποίος δεν είχε ασκήσει παρέμβαση, μπορεί εφόσον συντρέχει έννομο συμφέρον που θα δικαιολογούσε την παρέμβασή του στη δίκη αυτή, να προσβάλει την απόφαση με τριτανακοπή (άρθρα 106-108 Ν.2717/99).
Τέλος προβλέπεται το ένδικο μέσο της αίτησης διόρθωσης ή ερμηνείας δικαστικής απόφασης (άρθρα 109-111 Ν.2717/99).
Η έφεση εκδικάζεται από δευτεροβάθμιο δικαστήριο, ενώ η ανακοπή ερημοδικίας, η αίτηση αναθεώρησης, η τριτανακοπή και η αίτηση διόρθωσης ή ερμηνείας εκδικάζονται από το δικαστήριο που εξέδωσε την προσβαλλόμενη απόφαση (άρθρο 82 Ν.2717/99).
Τέλος, πρόσωπο που άσκησε προσφυγή κατά καταλογιστικής πράξης έχει το δικαίωμα να υποβάλλει αίτηση αναστολής εκτέλεσης της καταλογιστικής πράξης προς το δικαστήριο όπου εκκρεμεί η εκδίκαση της προσφυγής (προσωρινή δικαστική προστασία – άρθρα 200 έως 205Α Ν.2717/99).