Η Ελεύθερη Ζώνη Ελέγχου τύπου ΙΙ έχει τα εξής χαρακτηριστικά:
α) μη υποχρεωτική περίφραξη
β) υποχρεωτική προσκόμιση των εμπορευμάτων στις τελωνειακές αρχές, με κατάθεση του οικείου Δηλωτικού και την εφαρμογή των προβλεπόμενων τελωνειακών διατυπώσεων και κατάθεση Διασάφησης αποταμίευσης για την είσοδό τους σε Ε.Ζ τύπου ΙΙ.
γ) Η λογιστική που τηρείται είναι αυτή που προβλέπεται από τις διατάξεις της τελωνειακής αποτ/σης.
δ) άμεση απελευθέρωση των κοινοτικών με την πιστοποίηση του κοινοτικού τους χαρακτήρα, βάσει των συνοδευτικών εγγράφων,
ε) οι έλεγχοι στηρίζονται στις λογιστικές εγγραφές με βάση τις διατάξεις του καθεστώτος της Τελωνειακής Αποταμίευσης, όπου δίδεται η δυνατότητα απλών εργασιών (συνήθεις εργασίες, του παραρτήματος 72 του Καν (ΕΟΚ)2454/93 που επιτρέπονται στο καθεστώς της τελωνειακής αποταμίευσης.
Κοινό στοιχείο και των δύο τύπων Ε.Ζ. είναι η ύπαρξη φορέα Διοίκησης και η απεριόριστη παραμονή εμπορευμάτων χωρίς επιβαρύνσεις.
Η Ε.Ζ τύπου ΙΙ ενδείκνυται στις περιπτώσεις που το λιμάνι δεν μπορεί να διαχωριστεί έτσι ώστε ένα τμήμα του να λειτουργεί ως Ε.Ζ τύπου Ι και ένα άλλο τμήμα του ως κοινοτικός λιμένας, ώστε να διευκολύνεται το κοινοτικό εμπόριο.
Στην Ελλάδα υπάρχουν και λειτουργούν 3 Ε.Ζ: 1) Ε.Ζ Ελέγχου τύπου ΙΙ Λιμένος Πειραιώς, 2) Ε.Ζ Ελέγχου τύπου Ι λιμένος Θεσσαλονίκης, 3) Ε.Ζ Ελέγχου τύπου Ι λιμένος Ηρακλείου Κρήτης.