Η Ε.Ζ ή Ε.Α μπορεί να αρχίσει να λειτουργεί, αφού εκδοθεί απόφαση από τον Γενικό Διευθυντή Τελωνείων, η οποία θα εγκρίνει την λογιστική αποθήκης που θα τηρείται, τις τελωνειακές διαδικασίες που θα εφαρμόζονται για την λειτουργία της, καθώς και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια ώστε να ικανοποιείται ο τελωνειακός έλεγχος.