Η ίδρυση της Ε.Ζ - Ε.Α ενεργείται με απόφαση του Υπουργού Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών.
Ο ενδιαφερόμενος για ίδρυση Ε.Ζ ή Ε.Α υποβάλλει αίτηση στην αρμόδια Δ/νση του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών, η οποία συνοδεύεται από οικονομική μελέτη και μελέτη σκοπιμότητας για την οποία ζητείται η ίδρυση της Ε.Ζ ή Ε.Α και στην οποία αναλύονται:
α) Η υπάρχουσα ή προβλεπόμενη διακίνηση μη κοινοτικών εμπορευμάτων μέσω της προτεινόμενης Ε.Ζ ή Ε.Α.
β) Η προσδοκώμενη συμβολή της Ε.Ζ ή Ε.Α στην αύξηση της εμπορευματικής διακίνησης μη κοινοτικών εμπορευμάτων σε συνδυασμό με τα αναμενόμενα γενικότερα οικονομικά οφέλη από τη λειτουργία τους.
γ) Τα εχέγγυα για τη σωστή διοίκηση ή εκμετάλλευση της Ε.Ζ ή για τη σωστή διαχείριση των εμπορευμάτων στην περίπτωση της Ε.Α.
Ο Υπουργός λόγω της οικονομικής σπουδαιότητας της Ε.Ζ και των δεσμεύσεων που αναλαμβάνει το Δημόσιο προτού προχωρήσει στην έκδοση της απόφασης ίδρυσης, ζητά από τα Υπουργεία Ανάπτυξης, Εξωτερικών, Εθνικής Άμυνας ή Εμπορικής Ναυτιλίας, κατά περίπτωση, τις θέσεις τους, τις οποίες και λαμβάνει υπόψη του για την έκδοση της τελικής απόφασης.
Με την ίδια απόφαση ορίζεται ο Διαχειριστής της Ε.Ζ - Ε.Α, καθώς και το γενικό πλαίσιο λειτουργίας της.
Η διοίκηση και εκμετάλλευση των Ε.Ζ ανατίθεται σε νομικά πρόσωπα, των δε Ε.Α σε οιοδήποτε φυσικό ή νομικό πρόσωπο.