Κύριοι/κυρίες,
Θα ήθελα να με διαφωτίσετε σχετικά με το αναγραφόμενο στον τίτλο θέμα, και ειδικότερα κατά πόσο είναι νομότυπος ο χειρισμός των εν λόγω αμοιβών από ΕΛΚΕ (Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας) ΑΕΙ. 
Για λόγους ανάλυσης σε πραγματικά δεδομένα, ας λάβουμε υπόψη ερευνητικό έργο συνολικού προϋπολογισμού €10.000 + 2.300 (ΦΠΑ 23%), το οποίο ανατίθεται (με σύμβαση ανάθεσης έργου) σε ελεύθερο επαγγελματία υπαγόμενο σε κανονικό καθεστώς ΦΠΑ (23%).
Η διαδικασία που ακολουθείται έχει ως εξής:

• Ο ΕΛΚΕ διενεργεί παρακράτηση 12% (βάσει Υ.Α. ΚΑ/679/96) στο συνολικό προϋπολογισμό, δηλαδή €1.200.
  
• Απομένουν για τον ερευνητή €8.800, τα οποία εισπράττει συμπεριλαμβανομένου ΦΠΑ (€7.154,47 + 1.645,53).
  
• Ο ΕΛΚΕ αποδίδει σε πρώτη φάση, μόλις τιμολογεί, όλο το ΦΠΑ εσόδων (€2.300) και σε επόμενη φάση ο ΦΠΑ δαπανών (€1.645,53) εκπίπτει, «επιστρέφεται» στο έργο και αναδιανέμεται εσωτερικά (αμοιβές μονίμων, λοιπά λειτουργικά έξοδα κλπ.).
  

• Σε σχετικό ερώτημα#_ftn1 βουλευτού προς τους αρμόδιους Υπουργούς στις 4-7-2014, ο Υπουργός Παιδείας στις 23-7-2014 απαντά#_ftn2 - μεταξύ άλλων - ότι «Η πρόσληψη ερευνητών με σύμβαση έργου, ως ελεύθεροι επαγγελματίες, σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 2238/94 (άρθρο 48 παρ. 1), όπως αναφέρεται στην ΠΟΛ. 1004/2013 του Υπουργείου Οικονομικών, υπάγονται σε κανονικό καθεστώς Φ.Π.Α. Επισημαίνεται ότι, ο Φ.Π.Α. που αναλογεί στις αμοιβές των ερευνητών είναι επιβάρυνση επί των αμοιβών και όχι παρακράτηση, καθώς είναι επιλέξιμη δαπάνη και επιβαρύνει το πρόγραμμα.»
  
• Η παρακράτηση υπέρ ΕΛΚΕ (12%) υπολογίζεται επί του καθαρού προϋπολογισμού (€10.000), που όμως είναι ακαθάριστο ποσό για τον ελεύθερο επαγγελματία. Άρα, μέρος της παρακράτησης διενεργείται επί του ΦΠΑ του ερευνητή (12%*1.645,53 = €197,43 από τα €1.200).