Η καταχώρηση - ενημέρωση του βιβλίου εσόδων - εξόδων γίνεται μέχρι το τέλος του επόμενου μήνα κάθε ημερολογιακού τριμήνου και όχι πέραν του χρόνου της εμπρόθεσμης υποβολής της περιοδικής δήλωσης Φ.Π.Α., ήτοι την 20η ημέρα του μήνα (Απρ - Ιουλ - Οκτ - Ιαν), εφόσον προκύπτει χρεωστικό υπόλοιπο ή την τελευταία ημέρα του μήνα (Απρ - Ιουλ - Οκτ - Ιαν), εφόσον προκύπτει μηδενικό ή πιστωτικό υπόλοιπο (Άρθρο 4 § 18 ΚΦΑΣ, Α.Υ.Ο. ΠΟΛ. 1267/2011, όπως ισχύει, μετά τις τροποποιήσεις της Α.Υ.Ο. ΠΟΛ. 1129/3-6-2013).

Σημειώνεται ότι, σύμφωνα με το άρθρο 4 § 22 του ΚΦΑΣ, στο υποκατάστημα, πλην των πρόσκαιρων εγκα­ταστάσεων, τηρείται βιβλίο εσόδων - εξόδων για τις συναλλαγές κάθε υποκαταστήματος με δυνατότητα μη τήρησής του, εφόσον οι αγορές και οι πωλήσεις κάθε υποκαταστήματος παρακολουθούνται χωριστά στο βι­βλίο εσόδων - εξόδων της έδρας, από τα αντίστοιχα δεδομένα της έδρας ή άλλου υποκαταστήματος.

Όταν στο υποκατάστημα τηρείται ιδιαίτερο βιβλίο εσόδων - εξόδων τα δεδομένα του καταχωρούνται δι­ακεκριμένα συγκεντρωτικά στο αντίστοιχο βιβλίο της έδρας μέχρι την προθεσμία ενημέρωσής του.